Oracle рассматривает точки выпуска (4.x) как новые выпуски, а не обновления (4.xy).
Как таковые - по причинам стабильности некоторые люди продолжают, например, 4.0.x до либо поддержка 4.0 отменена, либо в новых версиях 4.1.x будут сглажены достаточные ошибки.
4.1.x выпускает для удаления версии 4.0 перед загрузкой и установкой 4.1.
Все ваши предыдущие настройки и виртуальные машины безопасны, поскольку они хранятся отдельно от фактического пакета.
Поскольку это новая версия, вам также нужно будет обновить добавление виртуальных гостей для каждой виртуальной машины, которую вы имеете.