Это старый поток, и, возможно, никто этого не увидит, но проблема для меня была в файле .Xresources. Я неверно истолковал параметр URxvt*termName как строку, которая станет заголовком окна urxvt. Фактически это становится переменной среды $TERM, если оболочка не переопределяет ее (bash).
Моим решением было добавить URxvt*termName: xterm-256color в файл ~/.Xresources. Как и при любом изменении этого файла, вам нужно будет запустить xrdb -merge ~/.Xresources и полностью перезапустить urxvt (включая процессы демона urxvtd) для отображаемых изменений.