Если вы хотите сделать это в терминале или SSH, вместо использования графического интерфейса вам просто нужно префикс ваших команд с помощью sudo. Например:
Новая папка:
sudo mkdir testsite
Редактирование файла:
sudo nano index.html
Кроме того, быстрый и грязный способ всегда давать вам доступ: [ ! d3]
sudo chown -R username /var/www/html