Единственное, о чем я могу думать, это то, что цветовые конфигурации byobu (которые иногда могут обрабатываться отдельно при загрузке) переопределяют автоматическую раскраску системы в dircolors или как бы то ни было. У меня нет решения, но это может быть ошибкой (хотя это совершенно ясно, я использую ZSH и Bash, а запуск в byobu / screen не переопределяет мои цвета). Я бы рекомендовал либо подать отчет об ошибке, либо подождать некоторое время.