Если вы не укажете версию ядра, то она по умолчанию используется для текущей версии. Поскольку ваша система была обновлена с момента создания iso, вы используете более новую версию ядра, которая отсутствует в chroot, поэтому она не может ее найти. Посмотрите, какая версия установлена (ls /boot) и укажите, как mkinitramfs -o /initrd.gz 3.13.0-20.