Вот объяснение того, как пустые строки могут встречаться в файле .bash_history.
Вкратце:
Если вы вызываете из истории командную строку, набрал ранее в том же текущем сеансе терминала, а затем отредактировал его (возможно, удалив его), но затем прервите редактирование, оставив эту (history-) командную строку, используя, например, стрелку Down, чтобы вернуться в приглашение текущей текущей команды line, затем, когда вы выйдете из терминала, изменения будут записаны в файле .bash_history.