Если то, что вы поддерживаете на Ubuntu-One, делится между двумя компьютерами, все в порядке. Просто поместите общий материал в каталог Ubuntu-One.
Если у вас есть разные резервные копии, и их сумма соответствует вашему пределу хранения Ubuntu-One, создайте два разных подкаталога в директории Ubuntu-One и используйте правильную комбинацию с каждой машины.
Это покрывает ваш вопрос? или вы спрашиваете что-то другое?