Как Менеджер архива обрабатывает временные файлы?

Это похоже на ошибку с конкретной версией gparted в Ubuntu 14.04. Повторные сбои с изменением размера разделов fat32 с использованием Ubuntu 14.04 также сообщаются в этом вопросе Askubuntu.

Решение (для меня) довольно простое. Используйте Ubuntu 12.04 или более ранние версии либо на другом компьютере, либо в liveusb. Я смог без проблем сжимать перегородки fat32 на больших дисках.