Как изменить apt repo для контейнера lxc, чтобы он автоматически менялся во время запуска

Вы не указали, какую версию Ubuntu вы используете в качестве ОС хоста VM. Подробное описание номеров версий программного обеспечения облегчает выбор ответа на вопрос.

Если вы используете Ubuntu 11.04 Natty, вы можете столкнуться с ошибкой, которая была исправлена ​​в более поздних версиях.

Когда процесс Qemu / KVM пытается перезагрузить ошибку в KVM, часы часто перескакивают назад во времени, и это вынуждает гостей виртуальной машины не перезагружаться.

См. https: //bugs.launchpad.net/bugs/795717 и https://bugs.launchpad.net/bugs/882579