В качестве хорошей альтернативы badblocks вы можете попробовать disckscan (из терминала: apt-get install diskscan). Он измеряет время ожидания секторов чтения, а также сообщает о плохих секторах. Чем дольше время ожидания, тем больше вероятность возникновения ошибки.