Я исправил эту ошибку, просто создав файл метаданных в .cache / deja-dup, т. е. из проблемы с домашним каталогом команда терминала
touch .cache/deja-dup/metadata
dejadup-предпочтения все еще бросает критические ошибки, но, вероятно, не связанный с этим.