btrfs имеет / будет иметь некоторые отличные функции моментальных снимков, которые должны иметь возможность обрабатывать подобные вещи. Просто сохраняйте свои данные в одной файловой системе и вашей системе в другой и используйте периодические (ежедневные? Еженедельные?) Снимки, а затем откатывайте назад, когда возникают проблемы.