Предполагая:
В файле CSV есть один столбец. В строке есть одно имя папки. Первая строка - это заголовок и ее следует игнорировать. Тогда такой цикл должен работать:
tail -n +2 file.csv | while read dirname; do cp -r "$dirname" /path/to/target/; done
Примечания:
CSV-файл имеет один столбец . Цикл while читает имена папок по очереди и для каждой строки выполняется cp -r