Таким образом, первопричиной этой проблемы было действительно byobu (ну, собственно, отсутствие byobu). Я не знаю почему, но по какой-то причине byobu не очистил строку из ~/.profile. Это была последняя строка файла: . $(which byobu-launch). К счастью, я смог найти эту строку довольно легко и быстро, выполнив следующее (как советовали @enzotib и @geirha):
Сначала я побежал bash -xl, чтобы ввести bash в качестве оболочки входа (-l) в режиме отладки (-x). Когда я побежал, я увидел, что это за нарушение. Как только я понял, что вызвало проблему, которую я выпустил cat <file> | grep . $(which byobu-launch) для каждого файла, который запускается при запуске bash.
Эти файлы следующие:
~/.bashrc /etc/bash.bashrc ~/.profile /etc/profile /etc/profile.d/* ~/.bash_profile + все остальные, которые включены / выполнены любым из над файлами.