Пакет не найден по настройке, но установлен по умолчанию

Для графического интерфейса я бы сказал, что самый простой способ - это скрипт nautilus. Основной линией будет:

unzip "$item" && trash "$item"

Он работает в bash / dash так же просто. В наутилусе все будет выглядеть так:

#!/bin/bash
# Nautilus script to unzip and then remove a zip archive.
# Nautilus script usually go in "$HOME/.gnome2/nautilus-scripts"

IFS='
'
for item in $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS; do
    if [ -n "$(file -b "$item" | grep -o 'Zip')" ]; then
        unzip "$item" && trash "$item"
        # use trash instead of rm to move them to trash
        # (trash-cli package installed)
    fi
done