Предполагая, что имя файла этих файлов thefilename, вы cd редактировали каталог, содержащий эти каталоги, и вы хотите переместить их в /path/to/dest, следующий цикл оболочки должен выполнить трюк [!d0 ]
for file in */thefilename; do
echo mv -iv "./$file" "/path/to/dest/${file%/*}"
done
Вы можете запустить это непосредственно в интерактивной оболочке или поместить ее в файл и запустить как скрипт.
Я добавил echo, чтобы сделать его только для печати mv команды. Если результат выглядит корректно, удалите echo и запустите его снова, чтобы он действительно выполнял перемещение.