Команда sudo su создает новый сеанс оболочки. Он ждет ввода ваших команд. Он не будет выполнять команды после этой строки.
У вас есть 2 варианта:
1) Извлеките команды после sudo su в отдельном скрипте и запустите это с помощью sudo [ ! d3]
2) измените такие строки, как echo '1' > fan1_manual на echo '1' | sudo tee fan1_manual