Возможно, вам не хватает заголовков ядра, вы можете установить их, выполнив:
sudo apt-get install linux-headers-generic
Если у вас есть обновление ядра, но вы не хотите устанавливать новое ядро, установите заголовки, соответствующие загруженному ядру, выполнив:
sudo apt-get install linux-headers-$(uname -r)
После установки модули ядра VirtualBox автоматически восстанавливаются.