Любой FTP-клиент может загружать каталоги рекурсивно, а также аутентифицироваться с именем пользователя и паролем. Просто запустите Ubuntu Software Center, найдите «ftp» и выберите один из вариантов.
Filezilla выглядит как хороший кандидат для установки и видит, работает ли он для вас (хотя я никогда не использовал его).
Или вы хотите, чтобы вы загружали файлы необычным способом (в терминале, из сценария оболочки и т. д.)?