Правила Firewalld на Ubuntu 16.04

Вы можете смело игнорировать сообщение «Пожалуйста, добавьте ...». Это доброкачественное

Важным битом является последнее сообщение. Убедитесь, что /usr/share/aclocal/intltool.m4 существует и что существует локальная директория m4.

В стороне, необычно запускать autogen.sh с sudo, хотя это не должно создавать проблемы , Вам просто нужно будет запустить make под sudo.