Во-первых, вы упомянули, что это не так в Windows. Вы на самом деле ошибаетесь - в Windows необходимо также загружать зависимости для программного обеспечения.
Теперь о вашей проблеме. Проблема с попыткой установить все необходимые вам пакеты из автономного состояния заключается в том, что у вас нет возможности исправить проблемы с зависимостями. Что apt, и так они делают, они вытягивают список всех зависимостей, определяют, какие из них нужно установить, а затем попытайтесь установить их. Если он не может установить зависимости, он не работает.
В качестве примера вы приводите mysql-client. Это метапакет, так как он относится к другим пакетам и не содержит реальных исполняемых файлов. Он также использует конкретные версии mysql-client и должен их загрузить.
Нет реального способа избежать этого при использовании автономного окна. Единственный реальный способ избежать этой проблемы - фактически подключить свой ящик к сети с помощью зеркала Debian или доступа к Интернету и настроить правила брандмауэра, чтобы ограничить исходящий трафик до metapackage для обновления серверов .