что лучше всего автомонтировать один раз при загрузке, но не автоматически после этого?

diff -qr dir1 dir2 | sort

Это будет сравнивать файлы в двух каталогах.

Если вы удалите аргумент q и символ |, он отобразит все файлы в двух каталогах