Добавьте " к .* (в противном случае ваша оболочка расширяет .* до точечных файлов в текущем каталоге), а также исключает скрытые файлы в подкаталогах:
zip -r zipfile.zip . -x ".*" -x "*/.*"
приведет к тому, что файлы, начинающиеся с ., не будут добавлены в ваш zip-файл.
rinzwind@discworld:~/tmp$ ls -la
drwxr-xr-x 2 rinzwind rinzwind 4096 2011-08-28 00:15 tmp
drwxr-xr-x 2 rinzwind rinzwind 4096 2011-08-28 00:15 .tmp
rinzwind@discworld:~/tmp$ zip -r zipfile.zip . -x .*
adding: .tmp/ (stored 0%)
adding: tmp/ (stored 0%)
rinzwind@discworld:~/tmp$ zip -r zipfile.zip . -x ".*" -x "*/.*"
updating: tmp/ (stored 0%)