Создание нового профиля Chromium для приложения работает вокруг проблемы (это характерно для 11.04, 11.10 устраняет эту проблему на уровне Unity.):
Чтобы открыть веб-сайт в качестве окна приложения, добавьте --app=http://example.org к параметрам запуска для хрома. Создание и использование нового профиля так же просто, как добавление --user-data-dir=/path/to/profileПока вы ставите другой путь к каждому веб-приложению, они будут рассматриваться как отдельные приложения.
Справочный блог post Как разместить веб-приложение в Launcher?