Я изо всех сил пытаюсь заставить Nginx работать как ожидалось на Ubuntu

Если он не будет монтировать больше, то вероятность того, что у вас плохой сектор (поэтому вы не можете получить доступ к своим файлам), дешевле просто заменить жесткий диск, а затем потратить время на его исправление, если это так, Я бы отвинтил корпус и просто купил 3,5-дюймовый диск и заменил его. Это довольно просто.