Ну, после того, как ничего не сработало, и Apache очень запутался, я, наконец, просто очистил все пакеты Apache и переустановил их.
Кажется, теперь он отлично работает, кто знает, что с ним не так .. ..
EDIT
Я узнал, что было не так, когда я снова настраивал свои настройки конфигурации Apache. [Это сообщение в блоге] [1] объясняет это.
Оказывается, что хотя модуль userdir активно не используется, остальные файлы сайтов находятся в папке ~ / public_html, а php отключается для всех там.
Я предполагаю, что это, должно быть, недавнее дополнение к модулю php, которого нет в моих настройках Karmic.