Если вы хотите полностью разделить его, отключите два диска Windows во время установки ubuntu. Таким образом, grub будет установлен на MBR диска ubuntu, а два других не будут затронуты.
Нет, ничего на MOBO не будет изменено.
Кроме того, большая часть вы можете ввести настройки загрузки во время запуска, и будет выбор жестких дисков, чтобы вы могли выбрать диск ubuntu во время обычного запуска оттуда после установки.