Как показал Джулиан, sed является правильным инструментом для этого.
Я просто хочу добавить два замечания:
вы можете обрабатывать сразу несколько файлов, просто указав список файлов:
sed -i.bak 's/old text/new text/' dir1/*.html dir2/*.html
Кроме того, если вам нужно работать с некоторыми фрагментами вручную, вы можете включить плагин Snippets в gedit:
Edit -> Preferences -> Plugins -> Snippets. Вам может показаться, что это удобно.