При установке на Ubuntu Linux вам нужно сначала установить зависимости, используя apt-get, а затем использовать pip install, в противном случае нормальная pip install scikit-learn не будет работать должным образом. См. Ниже:
Шаг 1: Убедитесь, что apt-get обновлен
sudo apt-get update
Шаг 1: Убедитесь, что apt-get обновлен [!d3 ]
sudo apt-get install build-essential python-dev python-setuptools python-numpy python-scipy libatlas-dev libatlas3gf-base
Шаг 3: pip install Scikit Learn
pip install --user --install-option="--prefix=" -U scikit-learn
Надеюсь, что это поможет!