apt upgrade приводит к ошибке сегментации man-db и сломанной системе

Используйте «--build» и «--host».

./configure --help
System types:
  --build=BUILD     configure for building on BUILD [guessed]
  --host=HOST       cross-compile to build programs to run on HOST [BUILD]

Вам нужно использовать ./configure --build=x86_64-pc-linux-gnu --host=i686-pc-linux-gnu для компиляции для 32-разрядного Linux в 64-разрядной системе Linux. Вам еще нужно добавить другие опции ./configure.