Это ошибка, которую я получаю при установке pymongo,
Я попытался сделать то же самое, не будучи пользователем root, но проблема такая же.
root@Ace:/home/anmol# pip3 install pymongo
Could not find platform independent libraries <prefix>
Could not find platform dependent libraries <exec_prefix>
Consider setting $PYTHONHOME to <prefix>[:<exec_prefix>]
Fatal Python error: Py_Initialize: Unable to get the locale encoding
ImportError: No module named 'encodings'
Current thread 0x00007f39490a6700 (most recent call first):
Aborted (core dumped)