Вы можете удалить его:
sudo apt-get remove software-center --purge
Я не знаю, связано ли это с удалением программного центра, но когда я его удалял, у меня была странная ошибка клиента SSO для каждой системы Начало. Ничего серьезного, просто типичный почтовый ящик «Ubuntu has been problem».