Использовать что-то вроде
#!/bin/bash
java -jar <name-of-the-jar-file> &
javapid=$!
sleep <some-time-in-seconds>
kill $javapid
в файле, сделать его исполняемым (chmod + x) и запустить его с помощью
./<filename>
. Это запустит jar-файл и убить его через некоторое время. Существует несколько способов прерывания команды через регулярные промежутки времени. Вы могли бы использовать cron (http://help.ubuntu.com/community/CronHowto), чтобы всегда исключать его, пока компьютер запущен. Или используйте простой цикл сценария оболочки, чтобы запустить выполнение из командной строки:
#!/bin/bash
COUNTER=0
while [ $COUNTER -lt 100 ]; do
<same as above without the first line>
let COUNTER=COUNTER+1
done
Это запустит команду 100 раз, вы можете остановить выполнение, просто нажав ctrl-c.