Команда make по умолчанию ищет Makefile в текущем каталоге. Для первой команды, которую вы указали для работы, вам понадобится Makefile в текущем каталоге, содержащем цель /home/me/Desktop/folderWithMakefile.
Если вы хотите запустить make в контексте другого каталога (и, следовательно, выберите другой Makefile), вы можете использовать опцию -C. Например:
make -C /home/me/Desktop/folderWithMakefile [target]