Проблема с маршрутизацией клиента Ubuntu 16.04 OpenVPN

Я полагаю, вы говорите о плагине файлов и папок? По умолчанию этот плагин не индексирует скрытые файлы или каталоги - см. Этот снимок экрана:

Возможно, вы случайно включили этот флажок?