Использование ecryptfs может стоить некоторой памяти, но без ее измерения я вполне уверен, что это незначительно по сравнению с вашим 4 ГБ. Это не должно стоить никакого времени процессора, за исключением случаев использования зашифрованной папки (и, возможно, при входе в систему, но я не думаю, что это измеримо).
Вы можете узнать скорость шифрования, например. используя Truecrypt (или OpenSSL или что угодно). На 4-ядерном процессоре, поддерживающем AES-NI, можно зашифровать 3 ГБ / с, что намного больше, чем может обеспечить диск. Не зная о вашем процессоре, я бы предположил, что он может зашифровать около 150 МБ / с, что может быть проблемой для приложения с интенсивным использованием жестких дисков, если все было зашифровано. Во всяком случае, шифрование одной папки должно быть прекрасным.