Как организовать все сторонние библиотеки, которые я буду устанавливать в Python?

У вас есть Xournal

http://xournal.sourceforge.net/

sudo apt-get install xournal

и Gournal

http://xournal.sourceforge.net/

Пакет Debian доступен на странице разработчика.

Удачи!