Не уверенность в 100% в Unity, поскольку у меня нет установки для тестирования. Однако это работает на Gnome 14.10.
gtk-launch eclipe
, если ваш рабочий стол - eclipse.desktop. Если вы не просто измените eclipse на то, что вы назвали файлом рабочего стола без расширения .desktop