apt-get обновляется навсегда. (Ubuntu 16.04 LTS)

Принимая подход KISS, я бы рекомендовал следующий скрипт

#! /bin/bash
cd $1;
rename 's/$/\.bu/' *

Это изменит рабочий каталог на первый параметр, а затем добавит расширение .bu ко всем файлам. Это уменьшает необходимость в цикле.

EDIT: если вы хотите изменить расширение (а не просто добавить его), вы можете попробовать

rename 's/\..*$/\.bu/' *

вместо этого в выше сценарий.