Попробуйте это. Откройте терминал и попробуйте запустить
java -version
Пока он что-то возвращает, у вас установлена Java. Вероятно, вы не отметили файлы .jar как исполняемые. Для этого откройте терминал, перейдите туда, где находятся .jar-файлы и запустите
chmod u+x name-of-file.jar
Замена name-of-file.jar на файл .jar, который вы хотите запустить.