Ваша проблема - thread_pool_size. Если это намного больше, чем количество ядер / потоков, вы не сможете нормально завершить работу, если не используете команду mysqladmin shutdown.
Например: у вас есть 2 ядра CPU с 4 потоками. Если вы установите его 1-4 - он будет работать нормально. Если вы установите его на 16, как указано во многих «высокопроизводительных» блогах, он будет потерян.