Кроме того, с чистым bash (обратите внимание, что это полностью игнорирует пустые строки):
#!/bin/bash
IFS=$'\n' GLOBIGNORE='*'
f1=($(< file1))
f2=($(< file2))
i=0
while [ "${f1[${i}]}" ] && [ "${f2[${i}]}" ]
do
echo "${f1[${i}]}${f2[${i}]}" >> out
((i++))
done
while [ "${f1[${i}]}" ]
do
echo "${f1[${i}]}" >> out
((i++))
done
while [ "${f2[${i}]}" ]
do
echo "${f2[${i}]}" >> out
((i++))
done