Я не думаю, что вы когда-либо предоставляли доступ к суперпользователю.
Я предлагаю скопировать /etc/apt/apt.conf.d/01proxy в место, доступное для записи вашей программой java, а затем символически привязать его к /etc/apt/apt.conf.d/01proxy. Например:
cp /etc/apt/apt.conf.d/01proxy ~/etc/apt/apt.conf.d/01proxy
sudo ln -sf ~/etc/apt/apt.conf.d/01proxy /etc/apt/apt.conf.d/01proxy