Вы можете просто добавить сжатие позже. Откройте /etc/fstab и отредактируйте строку для вашей корневой файловой системы. Добавьте compress к параметрам mount:
UUID=0c8e6d48-e6b3-425a-ab33-24205a9cb586 / btrfs defaults,compress 0 1
Теперь перезагрузитесь или перезагрузитесь и не забывайте, что / boot не может жить на btrfs, но GRUB2 не поддерживает это.