Nvidia не работает на ubuntu 16.04, GeForce 940MX

Это не проблема. Вы можете просто удалить папку VirtualBox VMs.

Внутри этой папки находятся файлы конфигурации VirtualBox и виртуальных жестких дисков.

Вы также можете оставить эту папку и повторно использовать виртуальную машину позже если вы хотите.