У меня Fedora 20 с LXDE. Если я сделаю щелчок правой кнопкой мыши и перейду к настройкам рабочего стола или если вы введете следующую команду:
pcmanfm --desktop-pref
На вкладке «Дополнительно» есть опция «Открыть папки с рабочего стола в новом окне», которые разрешают это проблема.