У Firefox тоже есть плавная опция прокрутки.
Но насколько я знаю, это реализовано в этих приложениях (и AFAIK только для окна браузера, а не для других виджетов?), а не в стандартном Виджеты Gtk (или Xorg или что-то еще), поэтому нет системных настроек (что я знаю).