Это относится к диску, который виртуальная машина видит, виртуальному диску, поэтому выбор «Install Ubuntu» и очистка всего останутся в пределах виртуальной машины.
(Помните, что именно поэтому виртуальные машины настолько велика, что касается ubuntu, весь диск - это то, что вы определили в Virtualbox)