sed (Stream EDitor) не является подходящим инструментом для такого рода вещей: вы можете просто использовать оператор bash if для соответствия вашему вводу с регулярным выражением:
#!/bin/bash
#...
input="$(< inputfile)"
[[ "$input" =~ ::=BEGIN ]] && i=1 || i=0
#...
[d2 ] input="$(< inputfile)": присваивает значение inputfile переменной $input [[ "$input" =~ ::=BEGIN ]] && i=1 || i=0: соответствует регулярному выражению ::=BEGIN по отношению к содержимому переменной $input; если есть совпадение, он присваивает 1 $i, в противном случае он присваивает 0 $i