Вместо удаления ссылок отключите их. Разница заключается в том, что удаление не делает dpkg знают ваши предпочтения, чтобы предотвратить сценарии запуска от выполняется, потому что dpkg работает update-rc.d тоже для удаления и добавления ссылок.
Для того, чтобы отключить услугу :
sudo update-rc.d blabla disable
Вам не нужно будет удалять /etc/rc.local, поскольку он обычно не изменяется с помощью сценариев управления пакетами.